Выбор автоматизированной системы обусловлен многими факторами. Это, прежде всего – функциональность такой системы, стоимость и трудозатраты по внедрению такой системы. Однако объективно оценить преимущества той или иной системы очень сложно, потому что, несмотря на достаточно агрессивную маркетинговую компанию многих раздатчиков, информативность, предлагаемых ими материалов не высока. Обычно акцент ставиться либо на невысокую стоимость, что характерно для отечественных разработчиков, либо на перечислении наименований компаний, где система уже внедрена. И в том и другом случаях, как правило, нет возможности получить информацию о том, какой функциональностью обладает система.

После этапа постановки система бюджетного управления может быть автоматизирована на базе компьютерных программ.