В 1908 году Амалицкий был избран директором Варшавского политехнического института. Необычайная энергия В. П. Амалицкого под гнетом непосильной нагрузки начала иссякать. Обычно веселый и добрый, В. П. Амалицкий становился раздражительным. Его угнетали тревоги за судьбу своего дела, отсутствие достойных преемников. Коллекции, насчитывающие уже тысячи костей, заполнили все имеющиеся у В. П. Амалицкого помещения. Крайне интересные находки требовали показа их в настоящем музейном помещении. В. П. Амалицкий решил передать все коллекции в Академию наук.